Die Betreuung der Schutzgebiete stellt eine Kernaufgabe der Biologischen Station dar. Als Fachinstitution ist sie für die Betreuung von derzeit 82 Naturschutzgebieten und weiteren ökologisch wertvollen Flächen im Bereich der Feuchtwiesen, Moore und Gewässerauen zuständig. Zu den weiteren Aufgaben gehören der kreisweite Schutz stark bedrohter Vogelarten, die flächendeckende Vegetationskartierung der Schutzgebiete sowie Langzeitbeobachtungen zur Entwicklung der Tier- und Pflanzenwelt (Monitoring).
Im Kreis Steinfurt gehören zahlreiche Gebiete zum europäischen Schutzgebietsnetz NATURA 2000. Viele FFH-Gebiete (Flora-Fauna-Habitat) und ein Vogelschutzgebiet zeichnen sich dadurch aus, dass sie europaweite Bedeutung beim Schutz von Lebensräumen, Pflanzen- und Tierarten haben. Hierzu zählt z.B. das EU-Vogelschutz-gebiet Düsterdieker Niederung.
Beiträge zur Sicherung des europäischen Naturerbes lassen sich auch im Kreis Steinfurt leisten. Zum Aufbau eines europäischen Schutzgebietsnetzes ist mit NATURA 2000 ein Programm von der Europäischen Union ins Leben gerufen worden. Es beruht auf der Idee, dass Schutz und Erhaltung von Lebensräumen nur erfolgreich sein können, wenn über politische Grenzen hinweg gehandelt wird. Im NATURA 2000 - Netzwerk werden die Schutzgebiete der Flora-Fauna-Habitat-Richtlinie und der Vogelschutz-Richtlinie vereint.
Die FFH-Richtlinie hat zum Ziel, wildlebende Arten, ihre Lebensräume und die europa-weite Vernetzung dieser Lebensräume mit ihrer einzigartigen biologischen Vielfalt zu sichern und zu schützen. Die Vogelschutz-Richtlinie dient u.a. dem Erhalt und der Entwicklung von Brut- und Rastgebieten gefährdeter Vogelarten.
Im Kreis Steinfurt wurden 32 Gebiete mit europaweiter Bedeutung bei der EU gemeldet. Hierzu zählt auch das Vogelschutzgebiet Düsterdieker Niederung bei Westerkappeln. Zu den FFH-Gebieten gehören u.a. die Emsaue, der Harskamp bei Ochtrup mit seinen Heideweihern, das Koffituten als eines der letzten noch lebenden Hochmoore, das Wiechholz bei Schale mit alten Eichenwälder und Moorwäldern, der Feuchtwiesen-komplex in den Wiesen am Max-Clemens-Kanal bei Emsdetten sowie die großflächigen Pfeifengraswiesen auf dem Truppenübungsplatz Wersen/Halen.
Der Europäischen Union gegenüber besteht eine Berichtspflicht über den Erhaltungs-zustand der FFH-Gebiete. Die Biologische Station Kreis Steinfurt übernimmt die Erfassung und Bewertung der Lebensräume und FFH-relevanten Arten im Kreis Stein-furt. Für alle NATURA 2000-Gebiete gilt ein Verschlechterungsverbot; das heißt, die Lebensräume müssen in ihrem guten Ausgangszustand erhalten bleiben.